Исключительные права на программы для ЭВМ освобождены от НДС.
Но только если эти программы включены в единый реестр российских программ (пп.26 п.2 ст.149 НК). При этом в НК нет ссылки на нормативный документ, регламентирующий ведение данного реестра.
Порядок формирования и ведения реестра утвержден постановлением Правительства от 16.11.2015 № 1236. Кстати, IT-компания не вправе отказаться от льготы по НДС, если она ей положена. Если ПО включено в реестр, то продать его с НДС нельзя при всем желании.
Источник: Клерк.ру